Herbarij
Naučna zbirka Herbarij osnovana je 1980. godine, te je organizovana prema standardiziranom Englerovom sistemu. Sadrži eksikate vaskularnih biljaka – papratnjače, golosjemenjače i skrivenosjemenjače. Herbarij Zemaljskog muzeja Bosne i Hercegovine jedini je zvanični herbariji u Bosni i Hercegovini. Njegova vrijednost je međunarodno priznata, te je registriran u svjetskom indeksu herbarija (Index Herbariorum), pod imenom SARA (Sarajevo). Sastoji se od 5 cjelina:
Bosansko-hercegovački kolekcija – oko 55 000, generalna kolekcija – oko 60 000, Otto Blau kolekcija – 2 503 eksikata, Erich Brandis kolekcija – 13 013 i kolekcija tipova – 392 eksikata. Herbarijska kolekcija kontinuirano obogaćuje zahvaljujući donacijama istraživača i botaničara.
Erich Brandis kolekcija je nastarija velika botanička kolekcija koja je poslužila kao jedna od osnova za uspostavljanje Herbarija. Osim ovih zbirki, botanički odsjek sadrži i kolekcije mahovina, lišajeva i dubleta vaskularnih biljaka, koje se čuvaju u posebnom botaničkom depou.